A műtők a következő öt kategóriába sorolhatók a műtét alatti sterilitás vagy nem{0}}sterilitás mértéke alapján:
(1) I. osztályú műtők: Steril, tiszta műtők, amelyeket elsősorban agy-, szív- és szervátültetést érintő műtétekhez használnak.
(2) II. osztályú műtők: Steril műtők, amelyeket elsősorban lépeltávolításra, zárt törések nyitott redukciójára és repozíciójára, intraokuláris sebészetre és pajzsmirigyeltávolításra használnak.
(3) III. osztályú műtők: Gyomor-, epehólyag-, máj-, vakbél-, vese- és tüdőműtétek elvégzésére használt steril műtők.
(4) IV. osztályú műtők: A fertőzött műtők elsősorban perforált vakbélgyulladással, tuberkulózisos tályogokkal, tályog bemetszéssel és drenázással járó műtétekhez használatosak.
(5) V. osztályú műtők: speciális fertőzési műtők, amelyeket elsősorban olyan fertőzésekkel járó műtétekhez használnak, mint a Pseudomonas aeruginosa, a Bacillus gáz gangréna és a Clostridium tetani.
A műtők különböző szakterületek szerint kategorizálhatók, így általános sebészet, ortopédia, szülészet-nőgyógyászat, idegsebészet, szív-mellkassebészet, urológia, égési sebészet, fül-orr-gégészet. Mivel az egyes szakterületeken végzett sebészetek gyakran speciális berendezéseket és műszereket igényelnek, ideális esetben ezeknek a szakterületeknek a műtőit viszonylag fixen kell kialakítani.